Ebu Bekir Bağdadi IŞİD'in kurucusu ve lideridir. Ebu Bekir Bağdadi Irak Savaşı sırasında Irak'ta El Kaide'ye bağlı örgütün temellerini attı. Ebu Bekir Bağdadi Suriye'de çıkan iç savaşla birlikte bu ülkeye gitti. Nisan 2013'te Nusra Cephesi ve kendi örgütünü IŞİD adı altında birleştirdi.

Ebu Bekir Bağdadi Nusra Cephesi liderleri birleşmeye karşı çıktı ve el-Kaide lideri Eymen el Zevahiri'ye durumu iletti. 2013 yılında El-Cezire'ye sızdırılan bir mektup ve ses kaydıyla El-Kaide lideri Eymen el Zevahiri bu grubun Suriye kanadını tasfiye ettiğini açıkladı. Fakat IŞİD emiri Ebu Bekir Bağdadi bu tasfiye kararını reddetiğini ve grubun Suriye'deki operasyonlarına devam edeceğini açıkladı. Raporlara göre Nusra Cephesi'ne bağlı yabancı militanların %80'ini kontrolü altına aldı.

4 Ekim 2011'de ABD Dışişleri Bakanlığı el-Bağdadi'yi küresel terörist ilan etti ve yakalanması ya da öldürülmesi için 10 milyon dolar ödül koydu. Bunun yanında el-Kaide lideri el Zevahiri'nin başına ise 25 milyon dolar ödül kondu.2013 Şubat’ında, El Kaide, Suriye’deki IŞİD’i tanımadığını ilan etti ve örgütün Suriye’yi terk etmesini istedi. El Kaide Suriye’deki temsilcisinin Nusra Cephesi olduğunu açıkladı. Nusra Cephesi ve IŞİD arasında birçok cephede çatışmalar yaşandı. En sonuncusu ise IŞİD’in Nusra Cephesi’nin kontrolündeki Deyrizor kentinde kontrolü sağlamasıyla son buldu.

Ebu Bekir Bağdadi için Bağdat'ta bir üniversitede İslami Bilimler alanında doktorasını tamamladığı öne sürülür. Ebu Bekir Bağdadi hakkında net bilgiler bulunmasa da 1971 yılında Irak'ın Samarra ilinde doğduğuna inanılır. Raporlara göre ABD'nin Irak'ı işgal ettiği 2003 yılında o civarda bir camide imamdı. Saddam Hüseyin döneminde militan görüşlere sahip olduğuna dair söylentiler de vardır. Ayrıca Güney Irak'ta ABD güçleri tarafından 4 yıl esir olarak tutulduğu dönemde radikal İslam'ı benimsediği de söylenir.

ABD'nin 2003 yılında Irak'ı işgaliyle birlikte Ebu Bekir Bağdadi'nin birkaç küçük militan grubu yönetmeye başladığı iddia edilir. Daha sonra Irak Mücahidin Şura Konseyi'ne söz sahibi olmuştur. 2010 yılında Ebu Ömer el-Bağdadi'nin ölümüyle Irak İslam Devleti'nin başına geçti. Örgütün Suriye'de de yayılması için çalışmalara başladı ve grubunu genişleterek Irak ve Şam İslam Devleti adını verdi. El-Bağdadi halen örgütün Irak ve Suriye'deki tüm aktivitelerini yönetmekle sorumludur. Ayrıca geniş çaplı bombalama ve suikast eylemlerinin de mimarıdır.

2 Mayıs 2011'de ABD komandolarının el-Kaide lideri Üsame bin Ladin'i öldürmesinin ardından, el-Bağdadi Üsame bin Ladin'den övgülerle bahsederek; ölümünün sorumlularına karşı şiddetle karşılık verileğine dair tehditler içeren bir bildiri yayınladı. 5 Mayıs 2011'de 24 polisin öldüğü ve 72 kişinin yaralandığı Hilla saldırısını el-Bağdadi üstlendi. Mart ve Nisan 2011 arasında Irak İslam Devleti el-Bağdadi'nin emriyle gerçekleştirilen 23 ayrı saldırının sorumluğunu üstlendi.

15 Ağustos 2011'de Irak İslam Devleti'nin Musul'da 70 kişinin ölümüne sebep olan suikast girişimleri başladı. Örgüt internet sitesinden yaptığı açıklama ile Üsame bin Ladin'in intikamını almak için Irak'ta 100 ayrı saldırı gerçekleştirdiklerini açıkladı. 22 Aralık 2011'de Bağdat'ta koordineli bir şekilde seri intihar saldırıları başladı. Bu saldırılar sonrasında 63 kişi öldü, 180 kişi yaralandı. Bombalamalar ABD'nin Irak'tan çekilmesinin hemen ardından başladı.

2013 yılında el-Bağdadi Suriye'deki Nusra Cephesi'ni örgütüne katarak IŞİD'i genişlettiğini duyurdu. Nusra Cephesi liderleri bu birleşmeyi reddetti ve el-Kaide lideri Eymen el-Zevahiri de Irak İslam Devleti'nin Suriye'deki operasyonlarına son vermesi ve aktivitelerini Irak'ta sürdürmeleri yönünde bir bildiri yayınladı. el-Bağdadi Zevahiri'nin bu emrini yerine getirmedi ve Nusra Cephesi'ne bağlı çoğunluğu yabancı olan militanların %80'ini kontrolü altına aldı. Ocak 2014'te IŞİD Nusra Cephesine bağlı birlikleri Suriye'nin Rakka ilinden çıkardı. Şubat 2014'te el-Kaide IŞİD ile bütün bağlarını kestiğini duyurdu.

26 Ekim 2005'te bir ABD savaş uçağı Suriye sınırına yakın bir yerde olduğunu tespit ettiği Ebu Bekir Bağdadi'ye bir saldırı gerçekleştirdi. O zamanlar "el-Kaide'nin Irak'taki üst düzey yöneticisi" şeklinde biliniyordu ve görevi Suriyeli ve Suudi militanları gizlice Irak'a sokmaktı. Saldırı girişimi başarısız oldu ve Bağdadi 2010 yılında Irak İslam Devleti'nin başına geçti.