Genelkurmay Başkanlığından yapılan açıklamada, Türk Silahlı Kuvvetlerinin bir kurum olarak, yasa dışı faaliyetlerde bulunan kişi ve kurumlarla hiçbir ilişkisinin olamayacağı belirtilerek, ''Yargının kısır tartışmalar içine çekilmesinden çok büyük rahatsızlık duymaktayız. Yargı üzerinde şüpheler yaratılması, Türk adaletine karşı yapılabilecek en büyük kötülüktür'' denildi.

Açıklamada, ''Türk Silahlı Kuvvetleri, gelişmeleri büyük bir dikkatle yakinen izlemekte olup, kendisini tahrik etmek isteyenlerin amaçlarına hiçbir zaman alet olmadan, emir ve komuta birliği içinde bir bütün olarak, dimdik görevinin başındadır ve başında olmaya da devam edecektir. Bizim en büyük gücümüz, Türk milletinin ordusu olmamızdan gelmektedir'' görüşüne yer verildi.

Genelkurmay Başkanlığının internet sitesinde yer alan açıklamada, tutuklu İbrahim Şahin'in ifadesine atfen, Türk Silahlı Kuvvetlerinin bazı personeline ilişkin haberlerin, 12 Ocak 2009 tarihinde, bazı yayın organlarında yer alması üzerine yapılan açıklamada, bu haberlerin gerçeği yansıtmadığı, aynı gün kamuoyuna aktarıldığı belirtilerek, 16 Ocak 2009 günü, Genelkurmay Karargahı'nda yapılan Haftalık Basın Bilgilendirme Toplantısı'nda; 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 157'nci maddesine göre, soruşturmaların gizli yürütülmesi gerektiği, aksi davranışların kişilere, kurumlara ve nihayetinde yargıya da büyük zararlar verebileceğinin ifade edildiği vurgulandı.

Açıklamada şöyle denildi:
"Türk Silahlı Kuvvetleri olarak, aşağıdaki soruları sorma ihtiyacını duymaktayız. Bu sorulara verilecek cevapları da merakla beklemekteyiz.

5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 157'nci maddesinin, habercilik adına çiğnenmesi bir suç olmasına rağmen, neden bu suçun işlenmesine devam edilmektedir? Bunu yapanların en azından etik değerlere karşı hiçbir saygısı yok mudur?

Söz konusu ifadede adı sıkça geçen ve Kayseri Hava İndirme Tugayında görevli olduğu iddia edilen tutuklu Fatma Cengiz isimli kişinin, Türk Silahlı Kuvvetleri ve Milli Savunma Bakanlığının hiçbir biriminde görev yapmadığı tespit edilmiştir. Fatma Cengiz kimdir? Kime ve hangi amaçlara hizmet etmektedir? Türk yargısının da bunu açıklığa kavuşturacağına inanıyoruz."