Ergenekon soruşturmasında 11 operasyon geride kaldı. Dava kapsamında savunmasını tamamlayan sanıklardan 5'i tahliye edildi. Tutuklu sayısı 41'e düştü. Devam eden soruşturmada ise muvazzaf askerler ve 10 polisle birlikte tutuklu şüpheli sayısı 59'a yükseldi. Ergenekon'da toplam tutuklu sayısı 100 oldu.

12 Haziran 2007de Ümraniye'de 27 el bombası ele geçirilmesiyle başlayan soruşturmada operasyonlar devam ettikçe tutuklu sayısı artıyor. Hazırlanan 2 bin 455 sayfalık iddianamede yer alan sanıkların yargılandığı davada 41'i tutuklu 86 sanık bulunuyor. Muvazzaf askerin olmadığı bu davada en yüksek rütbeye sahip olan emekli Tuğgeneral Veli Küçük. Emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin, emekli Binbaşı Mehmet Zekeriya Öztürk, emekli Binbaşı Mehmet Fikri Karadağ ve İşçi Partisi lideri Doğu Perinçek de sanıklar arasında. İlk tutuklanan orgeneraller, Şener Eruygur ve Hurşit Tolon olmuştu. Eruygur, sağlık sorunları gerekçesiyle tahliye oldu. Tolon ise GATA'ya sevk edildi.

Cezevindeki muvazzaf sayısı 15

Muvazzaflara ilişkin ilk tutuklama 21 Eylül 2008'de gerçekleşti. Karargah Evleri'yle bağlantılı oldukları ileri sürülen üç teğmen cezaevine gönderildi. 7 Ocak 2009'da yapılan operasyonda ise albaylar Cengiz Köylü, Mustafa Koç ve üsteğmenler Taylan Özgür Kırmızı, Muhammed Sarıkaya tutuklandı. 22 Ocak 2009'da gözaltına alınanlar arasında bulunan 7 muvazzaf subay tutuklandı. Yarbay Mustafa Dönmez'in de teslim olmasıyla ETÖ kapsamında tutuklu muvazzaf asker sayısı 15'e çıktı.

Son operasyonda Elazığ Özel Harekat Şube Müdürü Ayhan Atabek, Antalya Özel Harekat Şube Müdürlüğü'nde görevli Emniyet Amiri Servet Kaynak ile diğer polisler Fahri Süslü, Muhterem Bağcı, Bülent Güngördü, Mehmet Dalagan, Kenan Temur, Zerran Atik, Kemalettin Balcı ve Murat Çavdar 'silahlı terör örgütü üyesi olmak' suçundan tutuklandı. Cezaevine gönderilen polis sayısı da 10 oldu.

Emekli Albay Mustafa Levent Göktaş, eski Özel Harekat Dairesi Başkan Vekili İbrahim Şahin, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, Gürbüz Çapan ve gazeteci Tuncay Özkan da devam eden soruşturmada tutuklu şüpheliler arasında yer alıyor. Emekli Orgeneral Şener Eruygur, emekli Hakim Albay Tanju Güvendiren, ATO Başkanı Sinan Aygün ile İP Genel Başkan Yardımcısı Ferit İlsever, Prof. Dr. Yalçın Küçük ve Bağımsız Cumhuriyet Partisi Genel Başkan Yardımcısı Engin Aydın ise tahliye edilmişti.

Eski MGK Genel Sekreteri Tuncer Kılınç, emekli Orgeneral Kemal Yavuz, Genelkurmay Adli Müşaviri emekli Tümgeneral Erdal Şenel, emekli Kurmay Albay İlyas Çınar, Kurmay Albay Cihandar Hasanhanoğlu, Deniz Binbaşı Erbay Çolakoğlu, eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz ve Emniyet Amiri Mehmet Engin Erkılınçoğlu'nun da aralarında bulunduğu bazı kişiler savcılık ve mahkeme tarafından serbest bırakılmıştı.