Ergenekon'un yöneticisi olmakla suçlanan eski Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Şener Eruygur'un, YARSAV Başkanı Ömer Faruk Eminağaoğlu için "O bizim adamımız" dediği ortaya çıktı.
Ergenekon'un 9. dalgasında gözaltına alınan Bağımsız Türkiye Partisi Genel Başkan Yardımcısı Engin Aydın'ın ifade ve telefon konuşmalarında ilginç bilgiler yer alıyor. Aydın, "Koçum" diye hitap ettiği Eminağaoğlu ile 1 Temmuz 2008'de emekli orgenerallerin gözaltına alınması üzerine telefonla görüşüyor. Aydın, "7 kişi daha varmış sırada diyor televizyon kanallarından biri. Dedim ki herhalde bunlardan biri benim, diğeri Ömer'dir. Aynı koğuşa düşeriz inşallah dedim içimden" şeklinde konuşuyor. Eruygur'un 30 Mayıs 2008'de Engin Aydın'la yaptığı telefon konuşma Eminağaoğlu'nun ismi ADD'deki seçimde yönetim kurulu üyeliği için geçiyor.