Ergenekon Terör Örgütü'nün en önemli sanıklarından Org. Şener Eruygur'un, ÇYDD için özel çalışma ve talimatlar verdiği ortaya çıktı.
Ergenekon davasının tutuklu sanığı eski Jandarma Genel Komutanı emekli Orgeneral Şener Eruygur'un Jandarma birimlerine Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği (ÇYDD) ve Çağdaş Eğitim Vakfı'nın (ÇEV) vereceği burslar için lise ve üniversite seviyesinde öğrencilerin belirlenerek bildirilmesini talep ettiği ortaya çıktı.
Ergenekon'un ikinci iddianamesinde yer alan belgelere göre Şener Eruygur, Jandarma genel komutanı olduğu dönemde illegal şekilde Ergenekon'a bağlı olarak kurulan Cumhuriyet Çalışma Grubu'nun faaliyetleri kapsamında Jandarma birimlerinden ÇYDD ve ÇEV'in burs vereceği öğrencilerin bulunması için talimat verdi.
Ancak bu emir üzerine Jandarma, ÇEV ve ÇYDD hakkında misyonerlik faaliyeti yürütmelerini gerekçe göstererek destek olunmasının uygun olmadığı yönünde istihbarat raporu düzenledi. Eruygur'un bu rapor sebebiyle uygulamadan vazgeçtiği öğrenildi. Orgeneral Şener Eruygur PKK'lı militanlara burs verdiği ve misyonerlik faaliyeti yaptığı belirtilen Çağdaş Eğitim Vakfı'nın 2. başkanlığını yapmıştı.