Prof.Dr. Yılmaz, 2009 yılının Temmuz ayında Konya Numune Hastanesi Başhekimliği görevine geldiğini söyledi. Kendisinin karışık olan hastaneyi düzeltmek için göreve geldiğine dikkat çeken Yılmaz, “Bana hastane karışık demişlerdi. Gördüm ki, tahmin ettiğimden daha karışık. Hastanenin uygulama projelerine geçiş durduruldu. İzin verilmiyor. Ben yeni bir Numune Hastanesi yapmak için göreve geldim. Bu kadar sıkıntıya boş yere mi katlandım. Ben başhekim olmak için buraya gelmedim, iş yapmak için geldim” dedi. Daha fazla bu görevi sürdürmenin bir anlamı olmadığını anlatan Yılmaz, istifasını gerekli yerlere sunduğunu bildirdi.